Le musée a été fondé en réponse à l'intérêt croissant pour l'art des enfants qui s'est manifesté dans tout le pays à la fin des années 80 et au début des années 90. Les concours nationaux d'art pour enfants lancés par le musée Milies du mont Pélion, la présentation annuelle des œuvres gagnantes des concours susmentionnés par le musée d'art cycladique et les réactions enthousiastes aux expositions internationales organisées à l'époque à Oslo, Londres et New York ne sont que quelques exemples d'évènements qui ont permis d'attirer l'attention sur le sujet.